Nové MS-štěpitelné močovinové kroslinkery pro proteomiku

Náš tým se zúčastnil konference „8th Symposium on Structural Proteomics“, která se konala 10-12. října v Berlíně. Hlavním tématem konference bylo síťování proteinů a jeho využití k objasnění struktury proteinů pomocí spektrometrie.

Naším hlavním cílem bylo představení firemního portfolia biokonjugačních činidel, zejména však MS-štěpitelných lysin-reaktivních kroslinkerů.

Kromě již zavedeného DBSU kroslinkeru s C4-ramenem (též označovaného jako BuUrBu), který vyvinul v roce 2008 tým Prof. Dr. A. Sinz z Univerzity Martina Luthera v Halle, jsme na této konferenci představili doposud nepopsané kratší krosslinkery s C3- a C2-délkou ramene.

Jedna z hlavních výhod močovinových kroslinkerů spočívá v tom, že přítomnost symetrické močovinové jednotky, která podléhá kolizně-indukované disociaci, umožňuje jednoznačně identifikovat kroslinky v tandemových CID-MS experimentech.

Další výhodou těchto kroslinkerů je to, že energie potřebná ke štěpení močovinové jednotky leží zhruba ve stejném pásmu jako energie potřebná pro štěpení amidových vazeb, což umožňuje simultánně pozorovat jak charakteristické zdvojení signálu vznikajícího díky štěpení centrální močovinové jednotky, tak štěpení amidových vazeb proteinové kostry.

Díky takto rozšířenému paletě močovinových kroslinkerů tak mohou strukturní proteomici získat mnohem hlubší přehled o XL-MS struktuře proteinu než bylo doposud možné.